明洪武、清乾隆和道光年间，福荫寺曾三次重修和补修，再次兴盛，较以前规模更大，僧人更多，计有土地一百八十余亩，极一时之胜，清末民初，战乱四起，盗匪泛滥，福荫寺多处殿宇被毁，仅存三间大殿、六间厢房和钟鼓二楼。